Para atualizar o Serviço o procedimento é praticamente o mesmo do framework.
1- Acesse os serviços do Windows:
2- Encontre o serviço: ANFeService e clique em Parar.
3- Extraía o arquivo baixado para pasta:
Copiar todos os arquivos novos:
E substituir na seguinte pasta no servidor: C:\ANFeService\.
Sempre marcando "Fazer isso para todos itens atuais", "Fazer isso para os próximos xx conflitos" e clicando em Copiar e Substituir.
Após isso, basta iniciar o Serviço novamente!

Endereço à ser substituídos os arquivos
Os arquivos do Serviço sempre ficam nesse diretório padrão: C:\ANFeService\

Sempre Sobrescreva
Marcar para substituir todos arquivos e clicar em SIM.